本實驗室主要的研究物種為鰻魚 (genus Anguilla)，是一種陸海之間的洄游性魚類，成魚在海洋中產卵，孵化的幼苗藉由洋流的漂送，再將其送回大陸棚附近，接著就會進行變態，變態過後的鰻苗會經由河口上溯到河川棲地生長，幾年之後，長成的個體會再回到出生地海洋中產卵，完成其生活史。台灣地區最常見的鰻魚為日本鰻 (A. japonica) 與鱸鰻 (A. marmorata)。近年來，因棲地惡化、過度捕撈、以及全球氣候變遷等因素，使得鰻魚資源量大幅度下降。但是，日本鰻的人工繁殖技術目前尚無法達到商業化規模的量產，所以鰻魚養殖產業所需的鰻苗，仍完全依賴天然鰻苗之捕捉，因此，為了確保鰻魚資源的永續利用，以及鰻魚養殖產業的永續發展，我們實驗室積極的研究: (1) 東亞地區鰻苗的來游機制；(2) 利用衛星遙測技術與eDNA來評估東亞地區鰻魚河川棲地品質與豐度；(3) 鰻魚資源保育與管理策略；(4) 日本鰻的人工繁殖技術。
此外，為了解決台灣室內漁電共生廠的養殖瓶頸與亂象，實驗室近年積極開發出高效/低成本之超級約循環水養殖系統，用來進行鰻魚與白蝦等物種之養殖。另外，實驗室自2024年起，開始投入翡翠水庫水質與生態研究，進行水庫魚類相與浮游動物相之監測，分析水庫生態系的健康程度與長期變遷。
