本所成立初期之研究經費,由經濟部補助。1965年後則由各研究室自行申請研究計畫。如海洋漁業(底曳漁業資源調查,表層海洋漁業調查,沿岸漁業資源保育及開發調查,魷魚資源研究等);陸水漁業(魚、貝、藻類之分類研究,淡水魚類之性催熟及人工繁殖試驗, 湖沼、水庫、魚池環境及施肥研究;魚病研究(鰻及淡水魚病與治療,重要養殖魚種疫苗製造,牛蛙霍亂菌污染與草蝦疾病之監視與預防)及養殖環境水質監測(農業水產藥物及重金屬對魚類之毒性,出口鰻魚組織中殘留藥物檢出方法之開發)等。目前之研究主題為:河川生態研究,魷類資源研究,及養殖與魚病研究等。
本所的研究發展由漁業相關教授指導專任技術人員進行研究工作。 近五年協辦之研究計畫7-15項,研究經費695-1,395萬元。近五年發表學術期刊論文9篇,學術研討會論文7篇,研究計畫成果報告19冊,養殖技術專書2冊。以下依各研究專題分別說明。