漁業為我國傳統重要的經濟產業。漁業生物學則以水產資源為對象,究明其構造(族群結構)與機能(動態),及其與環境變動的交互作用。政府鑑於漁業資源研究有加強之必要,且為培育研究人員,遂於民國43年(西元1954年)由經濟部出資與本校共同籌組設立本所,單位全銜為「經濟部·國立基灣大學合辦漁業生物試験所」
本所成立之宗旨為漁業資源的長期調查與研究,以期俾益漁業資源之維護,培養及管理。其研究內容涵蓋海洋、沿近海養殖及陸水之漁業資源。除經常性研究外,亦與其他漁業技術研究機構合作,執行任務性研究計畫。本所成立之初,由中美基金補助,在本校一號館(原動物學系)後方建一平房名寫「漁業生物館」,以供研究及行政之用。後因研究工作拓展,當時之農發會(即今農委會)補助本校蓋建「漁業科學館」,並於民國72年11月遷入啟用。
本所以從事漁業生物研究為主要任務:其内容包括海洋、近海、沿岸及陸域養殖漁業資源及其環境之研究。本所可提供相關系所教授及高年級學生利用設備進行研究工作,並經常與校内其他系所,如動物系、海洋所、獸醫系、漁科所等教學單位進行合作研究。
本所由相關系所教授指導専任技術人員進行每際研究工作。目前之研究方向有:
(1)遠洋魷魚漁業資源研究：以北太平洋赤魷及西南大西洋阿根廷魷的漁業生物學與漁場環境研究為主。
(2)淡水生態系研究：以淡水魚分類,生態學研究與保育以及沿岸環境污染對漁業影響之調查研究為主。
(3)陸域養殖研究：以魚蝦貝病害之養殖環境及種苗品質之改善研究為主。