近年全球各地發生的新滋生及再浮現傳染病流行疫情與日遽增，對交通及通訊網絡如此發達的現今社會儼然成為國家的一重大威脅。基於提昇國內傳染病防治人員專業防疫及研究能力、培育更多傳染病防治菁英，衛生福利部與國立臺灣大學（雙方同意訂定學術合作協議，且經國立臺灣大學第2453次行政會議核定通過「國立台灣大學傳染病防治研究及教育中心設置要點」。
國立台灣大學傳染病防治研究及教育中心擬透過跨領域的合作，以達到提昇傳染病防治研究水準及教育品質之目地。 本中心定位為台灣大學一級研究中心。