本系緣起
生命科學院 (生科院) 由前校長李嗣涔教授主導促成，在其教務長任內通過校務會議，並獲得教育部九十一年度『推動研究型大學整合計畫』支持，全力實施。 生科院成立的主要目的，是因應台灣目前及未來的生物科技發展，培育基礎及高級生命科學研發人才。
生科院的重新整合
第一階段整合本校理學院之動物系、植物系及漁業科學所成立『生命科學系』，並劃出農學院農化系之農製組部份，結合理學院生化科學所成立『生化科技系』。 同時，農學院也更名為『生物資源與農學院』，積極進行內部重整與革新，準備進行本校未來可能的第二階段生命科學重整計畫。
生物與化學的結合
生科院大學部由兩系組成，研究所共設七所，請見下圖組織層次。成立的兩個學系，生命科學系將強調“生物”方面的學習與訓練。而生化科技系將注重“化學”方面的背景與技術；可說是 「以生物為目標，以化學為工具」。
兩系加七所
教學目標
(1) 培育生化科學研究人才，使學生具有堅實的生物與化學基礎知識，以進一步投入學術研究。
(2) 培育生物產業發展人才，使學生具有生技產品開發與生產之應用技術，以協助生技產業之研發與拓展。
架構調整
生命科學院於2003年8月成立，生化科技學系及微生物與生化學研究所在招生、教學與研究發展大致順利。唯原訂之一系二所架構並未完全發揮原先設計之功能。微生物與生化學研究所及生化科技學系之教師於兩單位各佔1/2員額，換言之，此二單位之佔缺教師乃完全相同。而生化科學研究所因其於本校支薪之教師員額過少，無法將缺額移入生化科技學系。生化科學研究所對生化科技學系之參與，僅限於少數幾位教師，協助生化科技學系開授課程。因此，生化科技學系及微生物與生化學研究所依校方規定，於2007年4月進行評鑑時，評鑑報告建議此二單位系所合一，整合為生化科技學系學士班、碩士班及博士班，以簡化行政程序，提高效率。讓生化科技人材養成由學士、碩士至博士，得以連貫。
系所整併
本系與微生物與生化學研究所於九十九學年度起進行整併，調整後為生化科技學系，包括學士班、碩士班及博士班。如前所述，本系之教學目標為培育生化科技基礎研究及產業發展所需人才。本系之教學涵蓋微生物學、生物工業化學、生物化學、結構生物學以及生化科技與營養科學等範疇，包含了培育生技產業與生化科技人才之教學目標，充分顯示本系領域之多樣性。